El servicio de auditoría se proporciona desde 1967, año en el que FEDECACES concertó acuerdo con la Inspección de Sociedades, Empresas Mercantiles y Sindicatos actualmente denominada Superintendencia de Sociedades y Empresas Mercantiles, con el fin de realizar en forma conjunta Auditorías a las Cooperativas legalmente constituidas. Y fue a partir de 1968 a la fecha que el servicio de auditoría a cooperativas es proporcionado únicamente con personal de esta federación.
La auditoría que presta FEDECACES tiene el propósito de prevenir situaciones o riesgos que afecten la imagen de las asociaciones cooperativas. Asimismo, tiene como finalidad verificar que los procedimientos de control interno establecidos en el Sistema Cooperativo Financiero (SCF) se apliquen eficientemente y en forma consistente, que permita maximizar los recursos propios o ajenos que se disponen. De esto se desprende que uno de nuestros compromisos es velar por el desarrollo sostenido y prevenir riesgo en las usuarias de nuestros servicios.